Yo no los hago pero se me ocurre que tienes que cambiar el lugar donde guardar los planes de vuelo en FS2024 se guardan aqui
C:\Users\tunombre\AppData\Local\Packages\Microsoft.Limitless_8wekyb3d8bbwe\
LocalState\MISSIONS\Custom\CustomFlight
edito, no se si es ahi o ahi solo es para las misiones.

En los vuelos VFR y una vez creado el plan de vuelo en LNM  utilizo la opción  File/Multiexport Flight Plan Options ... y luego en la ventana que se abre selecciono la línea de Microsoft Flight Simulatos 2020 / 2024  ( dependiendo del simulador con el que voy a volar )  y en la columna de la derecha ( Export Path )  utilizo una carpeta de mi conveniencia  para guardar los planes de vuelo ( una para cada simulador )   ... no es necesario ninguna en concreto, puede ser la que mas te guste y en el disco que quieras.
Posteriormente abro el simulador con el que he decidido volar, selecciono el avión, el aeropuerto de salida y la pista ( o el estacionamiento ) y sin hacer ninguna otra cosa pulso el botón EFB ( si lo abres cuando ya estas dentro del avión no te toma el plan de vuelo ) luego el botón Planificador de vuelo, posteriormente y en la columna de la izquierda pulso el segundo botón llamado Ruta, a continuación y en el menú superior que se abre pulso en el icono que tiene el dibujo de una carpeta, y se abre una ventana donde selecciono CARGAR ARCHIVO PLN, de nuevo se abre una ventana en la cual selecciono Cargar desde este PC, lo cual me lleva a la ventana habitual del explorador, lugar donde selecciono la carpeta y el archivo guardado al principio, que ya aparece en el EFB. A continuación pulso en ENVIAR del menú superior y en mi caso concreto siempre lo mando al ATC y a la AVIONICA
Cierro el EFB y ya pulso el botón amarillo que se habrá activado que indica Iniciar vuelo .... y a partir de ahí, ya todo normal.
Te prometo que en todo este proceso una vez que lo tienes mentalmente interiorizado no tardas ni siquiera un minuto.
 
El hecho de que algunas veces te dibuje solamente una línea entre los aeropuertos del vuelo, casi con seguridad que es porque alguno de los puntos del plan de vuelo es un punto de usuario ( WPn ) que has creado tu al hacer el plan de vuelo y además el avión seleccionado no es uno estandar de MSFS2024 ..... este puñetero simulador solo admite los navaids oficiales y es suficiente en un plan de vuelo con 50 puntos de paso que haya tan solo un punto de usuario WPn, para que ignore absolutamente todo el plan de vuelo.
 
Prueba a ver como te va y si lo necesitaras puedo hacer unas capturas de pantalla para ver gráficamente el proceso
 
 Suerte
 
 

Gracias a ambos por la pronta respuesta.
Juanjo, lo probaré a ver si por fin me los coje. Con la explicación que me has proporcionado es suficiente. No sé porque en el 2024 hay este problema. En el 2020 no hay ningún tipo de problemas, pero en fin, a ver si lo consigo. Tendré en cuenta, por supuesto de los aviones que sean de la "saga" para que funciones, je je. 
Ya os comento si lo he conseguido.
Atentos saludos.
 
 

Juanjo, exactamente lo que tu dices. He seguido todos los pasos y el plan de vuelo te lo respeta si es un avión de Asobo, si es diferente, como por ejemplo el Helicóptero H-160, no sigue el plan de vuelo, lo cual es una "putada" y disculpa por la expresión. 
Muchas gracias por tu información y atentos saludos.

Me alegro q ue te funcione .... lo de los WPn creados por el usuario es para " dar" facilidades al personal ....